La principal ventaja que ofrecen la agricultura protegida es la capacidad que ofrece al usuario de modificar a conveniencia las condiciones climáticas dentro del invernadero y contrarrestar los efectos negativos del medio ambiente como la precipitación, temperatura, vientos o plagas, entre otros. Esto le da la capacidad al agricultor de incrementar sus rendimientos y calidad de sus cosechas, pero sobretodo la posibilidad de producir todo el año. Un manejo adecuado del cultivo en sus diferentes etapas de desarrollo es de gran importancia.
Aireación. Mantener niveles óptimos de aireación dentro del invernadero es esencial para que exista renovación de aire, aporte natural de carbono en la atmósfera aérea y de oxígeno en la atmósfera radicular. Al contrario de lo que ocurre en cultivos al aire libre, en cualquier cultivo protegido la atmósfera vegetal se mantiene estable. Esto supone una ventaja en lo que se refiere a la temperatura y a la humedad relativa, pues en ambientes templados la tasa neta de fotosíntesis se mantiene en niveles altos y el metabolismo del carbono es más eficiente que en ambientes secos y cálidos. La aireación en los surcos de siembra aumenta la incorporación de oxígeno ambiental al agua del suelo. La presencia de oxígeno en el suelo o sustrato es esencial para que la raíz desarrolle procesos respiratorios, y no se provoque asfixia radicular, que supone la muerte del tejido de la raíz.
Manejo de riegos. Teniendo en cuenta que el invernadero es un medio donde el aire se renueva muy lentamente, un exceso en el tiempo de riego puede provocar encharcamientos o estados de saturación que se prolongarán durante el tiempo que tarde la humedad en incorporarse a la atmósfera aérea. El exceso de humedad en el ambiente es una de las contrariedades de los sistemas protegidos en invierno, ya que en ocasiones la acumulación de humedad no es remediable a corto plazo si las condiciones para la ventilación son malas. Un exceso de humedad en el suelo disminuye la tasa de renovación de aire en el suelo, por lo que se reduce la actividad radicular. La Deficiencia de Presión de Vapor (DPV) es un parámetro que determina la eficiencia en el aprovechamiento del agua de la planta. Los valores bajos de DPV (inferiores a 0.5 kPa) suelen responder a bajos niveles de transpiración asociados a excesos de humedad relativa, mientras que valores altos (superiores a 1.5 kPa) se asocian a condiciones de estrés hídrico a causa de una atmósfera aérea demasiado seca. La humedad relativa es el factor climático que mayor incidencia tiene en la DPV.
Labores de cultivo. La primera consecuencia de una poda es una mejor ventilación que optimiza la aireación del cultivo, aumentando la fruta de primera calidad. Las funciones de amarre de fruto se optimizan en condiciones no limitantes de luminosidad, que a su vez regulan la actividad microbiana.
Radiación solar incidente. La agricultura protegida nos ayuda a regular la radiación solar incidente sobre el cultivo. La radiación solar regula el metabolismo vegetal por su influencia en la actividad estomática, la tasa de fotosíntesis neta y la secreción hormonal. Los niveles altos de radiación solar incidente inhiben la conjugación de auxinas en los tallos en desarrollo, por lo que dichos tallos se alargan menos y la distancia entre horquetas se acorta, promoviéndose una mayor floración. Asimismo, el exceso de radiación provoca quemaduras internas y externas por oxidación de los tejidos, consecuencia de una tasa de fotosíntesis excesiva que sobreexcita a las moléculas de clorofila. A esta fisiopatía se le conoce como golpe de sol, y puede llegar a provocar caída de flores y quemaduras en fruto. Por otra parte, los niveles bajos de radiación inducen un alargamiento de la planta, consecuencia de unos entrenudos más largos que a su vez son consecuencia de la acumulación de auxinas en los mismos.
Textura del suelo. La textura del suelo o sustrato determinará la capacidad del vegetal para desarrollar los procesos de enraizamiento, así como las probabilidades de acumular humedad en el ambiente durante largos periodos de tiempo. En suelos arenosos la precocidad de los vegetales es significativamente mejor que en suelos pesados, pero la calidad de la fruta suele ser mejor en suelos pesados, ya que acumulan e intercambian mayor cantidad de minerales. Los suelos arenosos requieren riegos frecuentes, mientras que en los suelos arcillosos los aportes de agua son intermitentes para que se favorezca la aireación del suelo. Debido a que la arcilla retiene gran cantidad de agua no disponible para las raíces, debe ser mantenida con niveles altos de hidratación que dificultan una buena aireación en los surcos.
El control de temperatura, humedad y CO2 durante la mayor parte del año es uno de los mayores retos en la producción bajo invernadero en México. Las ventajas de la optimización del clima en la agricultura protegida se concentran en un control más preciso de la temperatura y la humedad relativa, independencia de factores meteorológicos externos, puede evitar problemas de virosis, y puede representar un bajo costo energético en comparación con otras alternativas. La optimización del clima dentro del invernadero es necesaria para regular la fotosíntesis.